Cuando se destituye del Trono a Fernando VII que dejó de ser “el deseado”, en 1820, gobernaba a la provincia de Zacatecas un personaje de apellido Gallegos, al ser requerido para que retornara a España, se hizo de las riendas el eterno interino en el cargo de intendente, como lo había sido Peón Valdés, acompañado esta vez de José Esnaurrizar, ministro de las Cajas Reales de Zacatecas. Entre las encomiendas que se le dieron a Peón estuvieron las de ejecutar dos decretos. El primero ordenaba se practicarán elecciones el primer domingo de 1821, para nuevos diputados a las Cortes de la Diputación y en el segundo decreto se prevenía que se renovarán la mitad de los cargos de los ayuntamientos de las cabeceras, conforme al decreto expedido por las Cortes en su primera época, fechado en 23 de mayo de 1812; (Elías Amador (1982), Bosquejo histórico de Zacatecas, p.238).
En la segunda fase de las diputaciones provinciales asomaron tres posturas sobre los tipos de gobierno que deberían regir los destinos de la nueva nación mexicana. Por un lado, estaban los partidarios de una monarquía presidida por un europeo con la que se identificaron los borbonistas; otros deseaban también una monarquía, pero encabezada por un americano, a esta se les llamó los monarquistas o monárquicos que terminarían apoyando a Iturbide y la tercera pugnaba por establecer una república. En esta se agrupaban los liberales partidarios del federalismo, (Terán, M, (2007), óp. cit., p. 77). Aunque sería la segunda la que terminaría imponiéndose en la persona de Iturbide y su imperio de opereta, estaba ya presente y en permanente ebullición el credo federalista. Tras el efímero Imperio mexicano la postura política que prosperó con mayor fuerza fue la tercera que terminaría en 1824 por establecer la Primera República Federal.
El Plan de Casa Mata con la participación activa de Santa Anna que no aceptaba al imperio, firmado el 2 de febrero de 1823, representó el inicio del fin que terminaría por darle el tiro de gracia del primer imperio mexicano. Este que es el primero de una larga fila de planes que desfilarían a lo largo de todo el siglo, le dio un reconocimiento institucional a las diputaciones provinciales y a los ayuntamientos. Se avizoraba en puerta un federalismo que la mayoría de las élites regionales deseaban. Esta última etapa de las diputaciones sería muy breve, pues en ese mismo año comenzaron a declararse los primeros estados libres y soberanos y el surgimiento de la república federal. Pero mientras se instaló la diputación provincial de Zacatecas, hecho que ocurrió el 19 de marzo de 1822, integrándola diez partidos: Mazapil, Nieves, Sombrerete, Fresnillo, Jerez, Tlaltenango, Juchipila, Aguascalientes Sierra de Pinos y Zacatecas, (Ibíd., pp. 83 y 84). mismos que se mantendrán al momento de la declaratoria de Estado. El tres de abril la diputación provincial zacatecana se declaró soberana. En general el resto de las diputaciones no reconocieron la legitimidad del Primer Congreso Constituyente. Ante la situación de rebeldía e incapaz de controlar el descontento, Iturbide se vio obligado a disolver el Congreso el 31 de octubre, (Ibíd., p. 87 y 91).
En el último año de las diputaciones se precipitan una gran cantidad de acontecimientos. El 7 marzo siguiente Iturbide reinstaló el Congreso. Cinco diputaciones entre ellas Zacatecas se inconformaron. Trece días después el emperador abdicaría del trono. En el interín entre la abdicación y la reinstalación del Segundo Congreso Zacatecas se federó con Jalisco y otras provincias. Finalmente, la diputación provincial de Zacatecas llegó a su fin el 17 de junio de 1823, al declararse Estado Libre y Federado, (Ibíd., pp. 91-95).
